インフルエンザウイルスの潜伏期間については、「完全に感染力がなくなる時期については明らかでなく、個人差も大きいと言われます。少なくとも熱がさがってから2日目までは外出しないように心がけましょう。」とあります。また、「発熱などの症状がなくなってからも、しばらく感染力がつづく可能性があることが、様々な調査によって明らかになっています。ですから、あなたが新型インフルエンザに感染していると診断されている場合や、あなたの周囲で新型インフルエンザが流行している場合には、発熱などの症状がなくなっても、周囲の方を守るため、発熱や咳、のどの痛みなど症状がはじまった日の翌日から7日目までの期間についてもできるだけ外出しないようにしてください。」との注意を呼びかけています。

季節性のインフルエンザと新型インフルエンザの見分けは難しいため、季節性のインフルエンザ患者の中に新型インフルエンザ患者がまじっているのではないかとの危惧もあります。「新型インフルエンザではないかと訴えても、検査してもらえなかった...」と不満を漏らす人々がいます。東京では、発症を訴えても海外渡航歴がなければ精密検査をせず、季節型インフルエンザとして処理されているのではないかとの声があがっています。

新型インフルエンザへの対処ですが、インフルエンザウイルスの潜伏期間を経ての急な発熱から、遅くとも２日以内（乳幼児であれば即日）に、抗インフルエンザ薬を服用しなければなりません。インフルエンザウイルスの増殖を抑える薬であるタミフルやリレンザは、ウイルスがもっとも増殖する発症後48時間以内に服用すべきとされています。48時間を越え、ウイルスが増殖してしまった後だと効果は薄くなるようです。